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El área de captación del Lago Alhajuela, dentro del cual se encuentra el PNCH, está conformada por las cuencas hidrográficas de los ríos Chagres, Pequení, Boquerón, Salamanca, La Puente, Indio, Piedras, San Cristóbal y Escandaloso. Estos ríos se caracterizan por ser relativamente cortos, de pendientes empinadas y con poca capacidad de almacenamiento en sus valles (Vargas, 1996).
Según los registros de la Comisión del Canal de Panamá, los ríos del Lago Alhajuela que más agua produjeron en el período 1970-1996, en millones de metros cúbicos por año fueron Chagres (961 Mm3), Pequení (437 Mm3) y Boquerón (253 Mm3) (Heckadon et al., 1999). Por otro lado, durante el período 1981-1994, los ríos que contribuyeron con la mayor cantidad de sedimentos fueron Boquerón (870 ton/km2/año), Pequení (664 ton/km2/año) y Chagres (255 ton/km2/año).
Es importante señalar que la llamada subcuenca del Lago Alhajuela, con una superficie de drenaje de 1026 km2, representa un 30% del área total de la Cuenca del Canal de Panamá-Región Oriental y aporta el 45% de la escorrentía total. Hacia la vertiente del Caribe, en las cuencas altas localizadas dentro del PNCH nacen los ríos Nombre de Dios, Pato, Zaino, Cuango, Culebra, Lagarto y Mandinga.
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